Archiwizacja faktur w JDG po KSeF – co zostaje po Twojej stronie

Przez /

W skrócie

  • Dowiesz się, co z archiwizacją faktur przejmuje KSeF, a co nadal musisz robić sam w swojej JDG
  • Zobaczysz, które dokumenty zostają poza KSeF – faktury B2C, OSS/IOSS, zakupy zagraniczne, tryb offline, paragony, umowy, dokumentacja kadrowa
  • Otrzymasz wymogi techniczne archiwizacji tego, co zostaje po Twojej stronie, oraz zaktualizowaną checklistę

Krótka odpowiedź

Krajowy System e-Faktur (KSeF) sam przechowuje faktury ustrukturyzowane przez 10 lat, więc dla dokumentów objętych systemem samozatrudniony nie musi już prowadzić własnego archiwum. Poza KSeF zostają jednak faktury do konsumentów (B2C), sprzedaż w procedurze OSS/IOSS, faktury zakupowe od zagranicznych kontrahentów oraz dokumenty wystawione w trybie offline – te trzeba archiwizować samodzielnie na dotychczasowych zasadach, tak jak paragony, dowody wewnętrzne, umowy czy dokumentację kadrową.

Przedsiębiorca prowadzący JDG od 2026 r. wystawia większość faktur B2B jako ustrukturyzowane w KSeF. Pojawia się jednak pytanie, co dokładnie zostaje po jego stronie do przechowywania oraz jak archiwizować to, czego KSeF nie obejmuje.

W dalszej części artykułu pokazujemy, co przejmuje KSeF i od kiedy, jakie dokumenty nadal wymagają własnego archiwum oraz jakie warunki muszą spełniać nośniki danych, by w razie kontroli nie usłyszeć zastrzeżeń.

Spis treści

KSeF przejmuje archiwizację faktur ustrukturyzowanych

Od 1 lutego 2026 r. Krajowy System e-Faktur stał się obowiązkowy dla podatników, których sprzedaż brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł. Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek objął pozostałych czynnych podatników VAT. Od 1 stycznia 2027 r. obejmie także mikroprzedsiębiorców o sprzedaży poniżej 10 000 zł miesięcznie.

Dla faktury ustrukturyzowanej datę wystawienia wyznacza dzień jej przesłania do KSeF (art. 106na ust. 1 ustawy o VAT), a datę otrzymania – dzień nadania jej numeru KSeF (art. 106na ust. 3). To rozróżnienie ma znaczenie praktyczne, bo obie daty nie muszą pokrywać się z dniem, w którym przedsiębiorca faktycznie zobaczył dokument.

Najważniejsza zmiana dla archiwizacji: KSeF sam przechowuje faktury ustrukturyzowane przez 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Dla faktur objętych systemem samozatrudniony nie musi już prowadzić własnego archiwum – dostęp do dokumentu i możliwość jego pobrania zapewnia system, niezależnie od tego, czy przedsiębiorca dodatkowo zachowa własną kopię.

To jednak nie oznacza końca archiwizacji w JDG – zmienia się tylko jej zakres.

Co nadal archiwizujesz sam

Poza KSeF, a więc nadal do samodzielnej archiwizacji, zostają:

  • faktury B2C – wystawiane konsumentom, poza obowiązkiem KSeF,
  • sprzedaż w procedurze OSS/IOSS – rozliczana odrębnie, poza polskim KSeF,
  • faktury zakupowe od zagranicznych kontrahentów – wystawione poza polskim systemem, więc KSeF ich nie obejmuje,
  • faktury wystawione w trybie offline lub awaryjnym – do czasu ich przesłania do systemu,
  • paragony fiskalne, dowody wewnętrzne, umowy oraz dokumentacja kadrowa – te dokumenty w ogóle nie wchodzą w zakres KSeF,
  • KPiR i pozostałe ewidencje podatkowe – prowadzone i archiwizowane tak jak dotychczas.

PDF nie znika z obiegu – zostaje jako wizualizacja faktury dla klienta, który nie ma dostępu do KSeF (np. konsument albo zagraniczny kontrahent), a doręczenie takiego pliku – np. w uzgodniony sposób, często z kodem QR – reguluje art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT.

Dla wszystkich wymienionych wyżej dokumentów zasady przechowywania określa nadal Ustawa o rachunkowości z dnia 29 września 1994 r. – konkretnie przepisy rozdziału ósmego. Zgodnie z art. 71 księgi rachunkowe, dowody księgowe, dokumenty z inwentaryzacji oraz sprawozdania finansowe jednostek należy odpowiednio przechowywać, chronić przed zakazanymi zmianami, rozpowszechnianiem, uszkodzeniem czy zniszczeniem.

Regulacje znajdują się także w Rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 20 grudnia 2012 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, a także w tzw. rozporządzeniu fakturowym – dotyczy to dokumentów, które nie są ustrukturyzowane w KSeF.

Ogólne zasady archiwizacji dokumentacji księgowej

Poniższe zasady dotyczą dokumentów, które zostają po Twojej stronie – a więc faktur spoza KSeF oraz pozostałej dokumentacji księgowej i kadrowej. Dokumentacja księgowa powinna być przechowywana tak, by w czasie ewentualnej kontroli można było z niej swobodnie korzystać. Zadaniem samozatrudnionego jest zatroszczenie się o to, by wszystkie dowody i ewidencje były podzielone na okresy rozliczeniowe i wyraźnie opisane – inaczej wyszukiwanie potrwa dłużej niż sama kontrola.

Podczas archiwizacji przedsiębiorca musi zapewnić ochronę dokumentów przed rozpowszechnieniem oraz zmianami. Stąd nakaz umieszczenia ich w miejscu zabezpieczonym przed osobami niepowołanymi – fizycznym lub cyfrowym.

Dokumentacja księgowa JDG nie musi być przechowywana przez właściciela firmy. Samozatrudniony, który korzysta z biura rachunkowego oferującego również archiwizację, może wybrać takie rozwiązanie bez negatywnych konsekwencji. Wymagany jest jedynie zgłoszenie do naczelnika właściwego urzędu skarbowego faktu przechowywania dokumentacji poza firmą – albo przy rejestracji działalności, albo do 15 dnia od dnia jej wydania.

Granicą okresu przechowywania jest koniec okresu przedawnienia podatkowego. Zgodnie z przepisami obowiązek ten kończy się po pięciu latach od zakończenia roku, w którym upłynął termin płatności podatku. To znaczne ułatwienie – podatnik nie musi liczyć terminu osobno dla każdej faktury i deklaracji.

Przykład 1. Magdalena prowadzi JDG jako kosmetyczka. Zamyka rok podatkowy 2017 i składa zeznanie roczne w 2018 r. Dokumentację związaną z 2017 r. musi przechowywać do końca 2023 r.

Wyjątek od pięcioletniego okresu archiwizacji stanowi dokumentacja pracownicza (m.in. listy płac, karty wynagrodzeń). Zgodnie z odrębnymi przepisami przedsiębiorca jest zobowiązany do przechowywania tego typu dowodów księgowych przez okres 50 lat (dla pracowników zatrudnionych przed 1 stycznia 2019 r.) lub 10 lat (dla zatrudnionych od 1 stycznia 2019 r.).

Archiwizacja elektroniczna – wymogi techniczne

Te wymogi techniczne pozostają aktualne dla wszystkich dokumentów, które nie trafiają do KSeF – a więc dla faktur B2C, zakupowych od zagranicznych kontrahentów, paragonów, dowodów wewnętrznych, umów czy dokumentacji kadrowej. Zgodnie z art. 73 ust. 2 ustawy o rachunkowości księgi rachunkowe, dowody księgowe, kopie dokumentów kasowych, dokumenty inwentaryzacyjne, sprawozdania finansowe oraz listy płac mogą być przechowywane obok wersji papierowej również w formie elektronicznej – np. na płytach DVD/CD lub dobrze zabezpieczonych dyskach twardych. Wymaga to spełnienia kilku dodatkowych warunków.

Nośniki muszą zostać umieszczone w sejfach, szafach lub pomieszczeniach, do których dostęp mają tylko upoważnione osoby. Skuteczna ochrona danych zapisanych na nośnikach cyfrowych wymaga regularnego wykonywania kopii zapasowych co najmniej raz na tydzień. Przedsiębiorca musi też pamiętać o chronologii, podziale na okresy rozliczeniowe oraz o zagwarantowaniu dostępu do urządzeń, za pomocą których można odczytać dane i sporządzić papierowe wydruki na wypadek konieczności.

Przykład 2. Tomasz prowadzi JDG jako copywriter. Większość faktur B2B wystawia i otrzymuje już w KSeF, więc tych nie archiwizuje sam. W chmurze trzyma jednak faktury dla klientów indywidualnych (B2C) oraz fakturę zakupową od zagranicznego dostawcy oprogramowania, spoza polskiego KSeF. Zewnętrzna usługa wykonuje kopie zapasowe codziennie – znacznie powyżej minimalnej częstotliwości. Tomasz zachowuje też w lokalnej szafie szyfrowany dysk z kopią roczną, opisaną „2026 – KPiR + dokumenty spoza KSeF”.

Kiedy PDF nadal obowiązuje

Faktura ustrukturyzowana w KSeF nie jest plikiem PDF – to dokument w formacie XML, a PDF bywa jedynie jego wizualizacją. Mimo to PDF nie znika z praktyki JDG. Zostaje przede wszystkim tam, gdzie KSeF nie sięga: w relacjach B2C, w procedurze OSS/IOSS, przy fakturach zakupowych od zagranicznych kontrahentów oraz w trybie offline lub awaryjnym, gdy faktura trafia do systemu z opóźnieniem. W takich przypadkach PDF – np. z kodem QR – bywa sposobem przekazania faktury kontrahentowi zgodnie z art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT.

Dla tych dokumentów obowiązują te same zasady archiwizacji elektronicznej, co wcześniej. Kluczowe stanowisko potwierdza interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 9 września 2013 r., sygn. IPPP1/443-617/13-4/JL: „Nie ma normatywnych przeszkód do istnienia systemu »mieszanego«, a wymogiem przechowywania faktury jest zachowanie jej oryginalnej postaci gwarantującej autentyczność pochodzenia i integralność treści, a ten warunek spełnia także przechowywanie faktury w formie elektronicznej, tj. w formie obrazu elektronicznego, pozwalającego na każdorazowe odtworzenie formy papierowej na żądanie organu podatkowego, w jej oryginalnej postaci”.

Dla samozatrudnionego oznacza to, że PDF pozostaje pełnoprawnym dokumentem księgowym tam, gdzie nie zastąpił go KSeF – pod warunkiem że plik nie jest modyfikowany po wystawieniu i istnieje możliwość jego odtworzenia w postaci czytelnej.

Przykład 3. Karolina prowadzi JDG jako fotograf. Faktury dla klientów firmowych wystawia w KSeF, ale sesje dla klientów indywidualnych (B2C) nadal dokumentuje fakturą w PDF wysyłaną e-mailem. Te pliki – nieedytowane – archiwizuje w katalogach miesięcznych i tworzy ich tygodniową kopię zapasową na zewnętrznym nośniku zamkniętym w sejfie. Spełnia tym samym wymogi integralności treści i autentyczności pochodzenia dla dokumentów, które zostają poza KSeF.

Krok po kroku w systemie Fiskomat

  1. Ustaw automatyczną archiwizację dokumentów spoza KSeF – włącz mechanizm zapisu faktur B2C, faktur zakupowych od zagranicznych kontrahentów oraz dokumentów z trybu offline do katalogów z podziałem na okresy rozliczeniowe. Faktur ustrukturyzowanych w KSeF nie musisz archiwizować dodatkowo – system robi to sam przez 10 lat.
  2. Zaplanuj kopie zapasowe – minimum jeden tydzień, najlepiej z kopią w chmurze i kopią offline.
  3. Zgłoś urzędowi miejsce archiwizacji – jeśli przechowywanie idzie poza siedzibą JDG (np. zewnętrzne biuro rachunkowe, chmura zewnętrznego operatora).
  4. Pilnuj integralności – nie nadpisuj plików PDF po wystawieniu, używaj nazewnictwa pozwalającego na identyfikację faktury i okresu.
  5. Zaplanuj retencję – ustaw przypomnienie o końcu okresu pięciu lat dla zwykłych dokumentów oraz dziesięciu lub pięćdziesięciu lat dla dokumentacji pracowniczej (zależnie od tego, czy pracownika zatrudniono od 2019 r., czy wcześniej).

Wystawione faktury sprzedaży znajdziesz w zakładce Przychody, a otrzymane faktury zakupu w zakładce Koszty — obie zakładki przechowują pliki i historię automatycznie, niezależnie od tego, czy dana faktura jest ustrukturyzowana w KSeF, czy trafiła do systemu jako PDF spoza KSeF. Ustawienia archiwizacji i kopii zapasowych skonfigurujesz w zakładce Ustawienia.

FAQ

Czy muszę sam archiwizować faktury wystawione w KSeF?

Nie. KSeF przechowuje faktury ustrukturyzowane przez 10 lat od końca roku, w którym zostały wystawione, i zapewnia do nich dostęp – własne archiwum nie jest już konieczne dla tych dokumentów.

Czy PDF faktury nadal jest pełnoprawnym dokumentem księgowym?

Tak, ale tylko dla dokumentów, które zostają poza KSeF – faktur B2C, sprzedaży w OSS/IOSS, zakupów od zagranicznych kontrahentów oraz dokumentów z trybu offline. Warunkiem jest zachowanie oryginalnej postaci, autentyczności pochodzenia i integralności treści (interpretacja Dyrektora IS w Warszawie, sygn. IPPP1/443-617/13-4/JL).

Jak długo należy przechowywać dokumenty spoza KSeF w JDG?

Do końca okresu przedawnienia podatkowego, czyli pięciu lat od zakończenia roku, w którym upłynął termin płatności podatku – tak samo jak dotychczas.

Czy mogę archiwizować tylko cyfrowo, bez papieru?

Tak, art. 73 ust. 2 ustawy o rachunkowości dopuszcza przechowywanie w formie elektronicznej obok lub zamiast wersji papierowej, po spełnieniu wymogów (zabezpieczenie nośnika, kopie zapasowe, podział chronologiczny). Dotyczy to dokumentów, które nie są ustrukturyzowane w KSeF.

Jak często wykonywać kopie zapasowe dokumentów spoza KSeF?

Co najmniej raz na tydzień. Częściej, jeśli wolumen dokumentów jest duży lub charakter działalności wymaga większego bezpieczeństwa.

Czy można powierzyć archiwizację biurowi rachunkowemu?

Tak, bez negatywnych konsekwencji. Trzeba jednak zgłosić naczelnikowi właściwego urzędu skarbowego fakt przechowywania dokumentacji poza firmą – przy rejestracji działalności lub do 15 dnia od dnia jej wydania.

Czy dokumentacja pracownicza ma ten sam okres archiwizacji?

Nie w każdym przypadku. Listy płac i karty wynagrodzeń pracowników zatrudnionych przed 1 stycznia 2019 r. przechowuje się przez 50 lat, a dla zatrudnionych od tej daty okres skrócono do 10 lat.

Najczęstsze wątpliwości praktyczne

W praktyce samozatrudnionego pojawia się jeszcze kilka pytań, które warto rozwiać przed wdrożeniem archiwum obejmującego dokumenty spoza KSeF. Pierwsze dotyczy formatu pliku – przepisy nie wskazują wprost PDF jako jedynego dopuszczalnego. Istotne jest, by format pozwalał na odtworzenie dokumentu w jego oryginalnej postaci, więc PDF spełnia ten warunek, tak samo jak inne ustabilizowane formaty graficzne. Drugie pytanie dotyczy podpisów: interpretacja IS w Warszawie sygn. IPPP1/443-617/13-4/JL nie wymaga podpisu kwalifikowanego dla samej archiwizacji – wymóg ten może wynikać z innych przepisów, ale nie z reguł o przechowywaniu jako takich.

Kolejną wątpliwość budzi sposób udostępniania dokumentów w razie kontroli. Dla faktur ustrukturyzowanych w KSeF organ ma dostęp do systemu i nie trzeba nic drukować ani udostępniać osobno. Dla dokumentów, które zostają po Twojej stronie, organ podatkowy nadal ma prawo żądać odtworzenia formy papierowej, więc archiwum powinno zapewniać szybki wydruk każdego pliku. Trzymanie się jednego, czytelnego nazewnictwa plików (np. data wystawienia + numer + kontrahent) skraca czas reakcji.

Ostatnia istotna kwestia to chronologia. Dokumenty spoza KSeF należy archiwizować zgodnie z porządkiem chronologicznym – nie wystarczy mieć wszystkie pliki w jednym folderze, jeżeli nie można szybko zlokalizować konkretnej pozycji za dany miesiąc. Sama ustawa o rachunkowości w art. 71 mówi o ochronie przed zniszczeniem oraz zakazanymi zmianami, więc archiwum powinno być traktowane jak rejestr, a nie folder „download”.

Podsumowanie

KSeF przejął archiwizację faktur ustrukturyzowanych – system przechowuje je przez 10 lat, więc dla tych dokumentów samozatrudniony nie musi już prowadzić własnego archiwum. Po jego stronie zostają jednak faktury B2C, sprzedaż w OSS/IOSS, faktury zakupowe od zagranicznych kontrahentów, dokumenty z trybu offline, a także paragony, dowody wewnętrzne, umowy, dokumentacja kadrowa oraz KPiR i pozostałe ewidencje. Dla tych dokumentów obowiązują dotychczasowe zasady: autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz odtwarzalność na żądanie organu, na podstawie art. 71 i art. 73 ust. 2 ustawy o rachunkowości oraz rozporządzenia w sprawie e-faktur. Pięć lat retencji dla zwykłych dokumentów oraz dziesięć lub pięćdziesiąt lat dla dokumentacji pracowniczej (zależnie od daty zatrudnienia — od 2019 r. lub wcześniej) to twarde widełki, które trzeba mieć z tyłu głowy planując archiwum tego, co zostaje poza KSeF.

Co warto przeczytać dalej

Zasady przechowywania faktur w PDF to jeden fragment większej całości – warto poznać też ogólne reguły archiwizacji i terminy dla pozostałych dokumentów księgowych.

Przewijanie do góry